无标记定量蛋白质组学（Label-Free Quantitative Proteomics, LFQ）作为现代生物医学研究的重要工具，因其无需额外标记、样本处理简便、数据量丰富而广泛应用于疾病机制探索、药物靶点筛选及生物标志物发现等领域。通过高分辨质谱结合精确的数据分析，LFQ能够实现对不同生物样本

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在细胞内，几乎所有的生物过程都离不开蛋白质与配体的相互作用（protein-ligand interactions）。这些配体可以是小分子药物、代谢物、脂类、甚至金属离子。深入理解这些相互作用不仅有助于揭示信号通路、调控机制和疾病机制，更是药物发现、靶点验证以及机制研究的关键一步。然而，蛋白-配体相

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无标记定量蛋白质组学（Label-free Quantitative Proteomics, LFQ）因其样本准备简便、适用范围广、成本相对较低，成为当前生物医学研究中的主流定量策略。然而，LFQ数据质量和重复性问题始终是制约其应用深度和可靠性的关键因素。在本文中，我们将系统解析影响LFQ数据表现的

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蛋白质之间的相互作用（Protein-Protein Interactions, PPI）在细胞信号传导、代谢调控和疾病机制中扮演关键角色。随着组学技术的发展，PPI研究已成为生命科学领域的热点。然而，受限于实验体系的复杂性与非特异性干扰，PPI实验结果常出现重复性差、假阳性高等问题。提升实验的可靠

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在细胞内部，蛋白质是功能执行的核心角色。然而，单个蛋白质往往难以独立完成复杂任务，大多数生物功能的实现依赖于蛋白质之间的相互作用（Protein-Protein Interactions, PPIs）。这些互作不仅参与信号转导、代谢调控、免疫应答等生命过程，更在疾病发生发展中扮演关键角色。然而，全面

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非靶向代谢组学（Untargeted Metabolomics）是一种以全面扫描样本中尽可能多的代谢物为目标的分析策略，强调广覆盖、无偏倚、探索性的特征。它主要用于未知代谢物的发现、代谢通路筛查和疾病机制研究，在生命科学、医学、营养学和药物研发等领域具有广泛应用价值。在技术实现上，非靶向代谢组学通常

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在蛋白质尤其是治疗性蛋白药物（如单抗、融合蛋白、酶类等）中，二硫键（Disulfide Bond）是一种维持蛋白质空间结构和功能活性的重要共价键。其连接模式的正确与否，直接关系到蛋白折叠效率、稳定性、免疫原性甚至药效。由于在重组表达和制剂开发过程中，二硫键易出现错配（mispaired）、断裂（cl

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抗体（Immunoglobulin, Ig）是一类高度复杂的糖蛋白，由两条重链和两条轻链组成。它们之间的稳定连接不仅依赖于非共价相互作用，更关键的是通过二硫键（Disulfide Bonds）形成共价连接。这些二硫键既存在于链内（intrachain disulfide bonds），也存在于链间（

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随着4D蛋白组学（Four-Dimensional Proteomics）技术在标志物发现、药物研发及临床转化研究中的广泛应用，DIA（Data Independent Acquisition）已成为主流的定量采集模式。基于离子迁移谱（Ion Mobility, IM）的4D DIA策略，在大幅提升

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引言：精准识别N端序列，为蛋白研究打下基础 在蛋白质研究中，氨基酸序列的精确鉴定是理解其功能与结构的第一步。虽然现代质谱技术已在蛋白质组学领域大放异彩，但在某些特定场景下，一种经典的序列分析方法依然不可或缺——Edman降解（Edman degradation）。这种以化学方

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